以我热爱并擅长的明代行政区划和历史地理为例,我当时做 《洪武历史行政地图册》 的时候主要参考这些东西:

这几本是最重要的,还有 《〈 中国历史地图集 中国历史地图集 〉 释文汇编·东北卷》 《 〈中国历史地图集〉 南宋、元时期西北边疆幅理考释》 《古代南海地名汇释》 《新编郑和航海图集》 《明代驿站考》 《明代东北驿站考》 等等等等。
整体而言,《明史》 是绕不开的,《地理志》 《河渠志》 《兵志》 《土司传》 这四个尤其重要,因为牵扯到大量的地名,还有一些人物传记里出现的地名,其实都有必要标注。谭图的明代部分是按照 《明史·地理志》 标注的,所以有大量出现在传记里但是地理志没写的地名就没有,此外也没有标注驿站,因此我在作图的时候就对其加以补充,把这些地名尤其是驿站标注上。
而且,《明史·地理志》 存在不少的错误,这个也得需要订正,黄云眉在 《明史考证》 里改了一部分,近些年一些地方史学者也改了一部分,比如 《〈明史•地理志〉 疑误考正》 《 〈明史•贵州地理志〉 考释》 等,但仍然不够,因为有些错并不是内容错误,而是莫名其妙的错误,比如经典的江西建昌府广昌县 「泉镇巡检司」(中华书局版 《明史》):

那说错在哪儿了呢,人本来叫 「白水镇」:

这种错误的发现与订正没什么好办法,只能是凭自己的眼睛。
此外还有历史地图集,除了谭图之外,各省有的也组织编绘过,比如山东、山西、福建、贵州、广东、北京、上海、重庆等省份都有。

但饶是这种地方编绘的,也不可全信,因为也有不足和讹误,就像 《重庆历史地图集》 明代这张图,重庆东南的石砫宣抚司括注了 「属重庆卫」,但同样属于重庆卫的酉阳宣抚司却没有括注,而且酉阳南边的几个长官司也有问题,溶溪芝麻子坪长官司和平茶洞长官司是直属于四川布政司的,因此这俩虽然级别低而且规模小,却是需要单独标注并绘出界线的,界线还得是府界,但 《重庆历史地图集》 在处理这里时,却将其简单标注成了重庆府境内的地名,这就属于问题,而最大的问题则是,「溶溪芝麻子坪长官司」 的 「芝」 字丢了,写成了 「溶溪麻子坪」:


这种问题很难规避,甚至连 《中国历史地图集》 和 《中国行政区划通史》 也会出错,而且 《中国行政区划通史》 犯的还是那种明明考证对了,但是标绘错了的错误。
比如明初晋北山西行都司东胜、镇虏、云川、玉林四卫的位置:

东胜在镇虏的西偏北,云川卫位于镇虏卫的正北,玉林在云川的东偏南,四卫位置呈菱形分布。但这样标绘其实是错误的,但为什么错误的还这样画呢?因为谭图是这样画的:

然而关于这四个卫的位置谭图绘错是因为那时候还没弄明白,但现在早就考证清楚了,2003 年国家文物局主持绘制的 《中国文物地图集·内蒙古自治区分册》 就已经标绘正确了,内蒙古公布的自治区重点文保单位的碑都立上了。

其实纠错也很简单,谭图上东胜、玉林是没错的,镇虏卫需要往西挪到标注云内的那个位置,然后把云川往下挪到镇虏卫的位置就可以了,不过遗憾的是,这本文物地图在前边的内蒙古历史行政区划沿革那里并没有绘制明朝时期,所以就没有一个正确的图把这四个卫的位置标注出来,因此近几十年大家就一遍一遍重复位置错误的图,虽然文章考证是对的。
比如 《山西历史地图集》 就继续了错误。

扯远了,接着说书。
还有一个重要的东西,是 《明代卫所选簿》,这个有影印的档案页,也有校注整理版,后者便于阅读而前者更原汁原味,这里也有大量的地名信息之类的。卫所选簿是记录那些世袭军官的获职原有,基本就是祖上某某在哪年打过什么地方立的什么功升的什么官,这样就会留下大量的地名信息,其中就有很多值得研究的有趣东西 (参见有哪些因为"想得太多"而发生的对史料的误读?这个回答),我在绘制洪武图册的时候就补充了大量的这种明初地名,但限制于资料的匮乏,仍然有大量找不着的地方,比如万州天祝寨,这个甚至不是选簿里的地名,而是我在山西右玉县博物馆的一卷明代圣旨上看到的地名:

毫无头绪。
还有一个特别重要的东西,地方志。
因为是绘制的明代地图,还是明初洪武时期的,因此明代方志是首选,最主要的就是 《天一阁藏明代方志选刊》 《天一阁藏明代方志选刊续编》 《明代孤本方志选》 这三个,然后 《日本藏中国罕见地方志丛刊》 和续编里也有几种。中国现存明代地方志大约四百多种,还有一些在日本、美国的,加起来不到五百,因此仅靠明代方志是不足以覆盖全国的,还必须要借助清代的,清代地方志就多了,现存清代方志大约六千多种,但不是所有的都对明朝有用,我优先考虑的是顺治时期和康熙前期编绘的方志,此时清朝的行政区划和明朝几乎没有区别,而且人口数量也没有激增,所以地名记载往往较为准确,雍正之后就不行了,一来变化较大,二来距离明朝也太久了,还有一个问题就是开始出现胡说八道的情况了。
最后说一下 《明实录》 。

我在陕西标了两个地名,一个叫 「开城县」,一个叫 「海那都」,前几天有人给我反馈说这里标错了,应该是 「开成县」 和 「海剌都」 。 「南有开成州,元直隶陕西行省,治开成县。洪武二年省州,以县属平凉府」,《明史地理志》 确实是这么说的,在 《万历固原州志》 也确实是 「海剌都」,但是 《明太祖实录》 里,它就叫 「开城」「海那都」,而且从头至尾都是 「城」 而不是 「成」,所以我就依照 《明太祖实录》 用的是开城。

也正是因此,现在海原县说海剌都营是 「明成化四年改天都寨置」 这事就不好说了,因为这地名在洪武二年就已经出现了。
还有海外资料,比如交阯布政司的问题,必然需要参考越南的,但越南史书对于这段本来就不愿意提及,我国出于团结考虑对于涉及越南历史的东西也是各种限制 (现在出版关于越南的书需要向中联部报备审批),甚至于中国现在市面上压根找不着一份大比例尺的中文版越南地图,我当时作图的时候因为这个问题甚至只能去参考交通部根据中国人民解放军总参谋部测绘局 1959 年出版之 100 万分之一地形图改绘的交通地图。
然而最大的问题还是资料的互斥。
比如这儿:

交阯升华府义州。
按 《明太宗实录》,「义州领义纯、鹅杯、溪绵三县」:

但是在现存唯一一本交阯地方志 《永乐交阯总志》 里,「义州,县三:义纯、鹅盃、溪徧」 。

等到了 《中国行政区划通史》 里,又成了 「义纯、鹅怀、溪锦」:

杯、盃、怀,绵、徧、锦,你选哪个?怀和锦可以直接排除,前两个怎么选?
当然,字其实还好说,关键问题上的分歧就麻烦了。
比如 《明太宗实录》 卷二百一十六永乐十七年九月丙辰有这么一段:「革镇蛮府为镇蛮州,以所隶古兰、廷河二县并入本州,多翼县入太平县;奉化府为奉化州,以所隶美禄、顺为二县并入本州,西州县入胶水县。」
咱们用金楼白象的图给大家比划一下:

交阯有镇蛮府和奉化府,按 《明太宗实录》 的说法,经过多轮合并之后,这俩降级成了直隶州,各领一个县。
但是 《永乐交阯总志》 并不支持这个说法,仍然开列四个县:

其实这也好解释,《永乐交阯总志》 书中叙事截止于永乐十七年初,而这次调整是在永乐十七年九月,所以出现这个问题是因为方志编纂完成之后才调整的区划,自然就不一样了。
但在 《中国行政区划通史》 里,却还是沿用着原来的说法。

而且不光是行政区划通史,我之前检索了一下,似乎从没人注意过这次的调整,以至于前段时间我在补写 《明史地理志·交阯》 的时候还以为我熬夜熬穿以至于出现幻觉了,但在和几位老师讨论之后决定,沿用 《明实录》 的说法, 之前没人提过不代表我就不能这么说:

所以回到本问题,「明粉对什么史书比较认可?」 本明粉是对什么史书都认可,但又对什么史书都不敢轻信,我信的是研判之后的结果,而不是史书本身。